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集装箱进口货运作业程序主要有：
1、传递货运单证
以往主要由出口港在船舶开航后，寄送货运单证至到达进口集装箱管理部门，现在我国主要集装箱码头，已开始采用单证EDI来完成。
2、集装箱卸船准备
船舶抵港前几天，船公司或其代理人应将下述单证送交码头业务部门：
①货物舱单(CargoManifest);
②集装箱清单(ContainerLoadingList);
③积载图(StowagePlan);
④集装箱装箱单(ContainerLoadPlan/CLP);
⑤船舶预计到港通知书;
⑥装船货物残损报告;
⑦特殊货物表。
码头堆场根据这些单证，结合码头实际情况，安排卸货准备，并制订出集装箱卸船计划、堆场计划、交货安排等。
3、卸船与堆放
码头堆场根据制订的卸船计划、堆场计划从船上卸下集装箱，堆放到堆场指定的箱位，应注意以下事项：
①空箱与重箱应分开堆放;
②了解重箱内货物的详细情况;
③是否要安排中转运输;
④在码头堆场交货，还是在货运站交货;
⑤预定的交货日期。
4、交货
根据不同的交货对象，主要业务有：
①交付给收货人：当收货人或其代理人前来提取集装箱时，应出具船公司或其代理人签发的提货单，经核对无误后，码头堆场将集装箱交给收货人或其代理人。交货时，码头堆场和收货人双方在交货记录上签字交接，如对所交接货物有批注，应将该批注记入交货记录，交货记录是证明承运人责任终止的重要凭证。
②交给集装箱货运站：如系拼箱货，则由集装箱货运站从码头堆场上将集装箱运至货运站，并由其拆箱将货交付给收货人。拼箱货提货前，先由船公司委托的货运站与码头堆场取得联系，凭经海关放行的交货记录从堆场领取集装箱，双方办理交接手续，在集装箱装箱单上签字，作为货箱交接的依据。收货人或其代理凭船公司签发的提货单到货运站提货，经货运站核对无误后，即可交货，双方并在交货记录上签字交接。
③交给内陆承运人：如集装箱原封不动运往内地交货地点，码头应与船公司或其代理取得联系后，把集装箱交给内陆承运人。如海上承运人责任终止于码头堆场，则以交货记录进行交接;如内陆承运人作为海上承运人的分包承运人，海上承运人则对全程运输负责，码头堆场和内陆承运人只需办理内部交接手续，在集装箱运至交货地点后再办理交货记录。
5、有关费用收取：码头堆场在将集装箱交给收货人时，应查核货物是否发生了保管费、再次搬运费等费用，如发生上述各项费用，则码头堆场应在收取费用后，再交付集装箱。
6、编制交货报告及未交货报告：码头堆场在交货结束后，编制交货报告送交船公司或其代理，作为船公司在处理收货人提出货物丢失或损坏要求赔偿的依据;如发生收货人不按时提货，应编制未交货报告送交船公司，由船公司据以摧提，如收货人长期不来码头堆场提货，则应按有关规定处理。主要进口货运作业单证有：
①提货单;
②卸箱清单;
③理货单证;
④集装箱摧提单和摧提进口货清单;
⑤拆箱单;
⑥交货记录;
⑦到货通知单。