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为了保持集装箱运价的稳定，避免海运成本变化导致运价的波动，集装箱班轮运输仍然沿袭了班轮运输的费率形式，即基本费率加附加费率。不过无论是基本费率还是附加费率，其形式比班轮运输要简洁的多。基本费率的形式包括均一费率(FAK)、包箱费率(CBR)。
与普通班轮一样，国际集装箱海运运费除计收基本运费外，也要加收各种附加费。附加费的标准与项目，根据航线和货种的不同而有不同的规定。集装箱海运附加费通常包括以下几种形式：港口拥挤附加费、变更卸货港附加费、选择卸货港附加费、燃油附加费、货币贬值附加费等。