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(二)进出口报关
1、持减免税证明、许可证等相关证件按一般进出口货物办理报关程序。(不需要缴纳进出口关税)
2、(1)保税区企业进口免税的机器设备仍填制“进口货物报关单”。
(2)出口加工区等其他特殊监管区域的企业进口免税的机器设备等应填制特殊监管区域进境货物备案清单。
3、报关单上的备案号一栏要填写进出口货物征免税证明的12位编号。
(三)申请解除监管(后续阶段)
监管年限届满时，自动解除海关监管。纳税义务人需要解除监管证明的，可以至监管年限届满之日起1年内，持有关单证向海关申领解除监管证明。海关应当自收到申请之日起20日内核实情况，填发解除监管证明。(08年教材新增加的内容)
1、监管期满根据有关企业的申请，海关核准后解除监管。
2、监管期内申请解除监管
(1)在海关监管期内销售、转让的，企业应向海关办理缴纳进口税费的手续。
(2)将货物转让给同样享受进口减免税优惠的企业，接受货物的企业应当先向主管海关申领“进出口货物征免税证明”，凭以办理货物的结转手续。
(3)退运出境的，向出境地海关办理货物出口退运申报手续。出境地海关监管货物出境后，签发出口报关单，企业持该报关单及其他有关单证向主管海关申领解除监管证明。
(4)要求放弃特定减免税货物的，向主管海关提交放弃货物的书面申请，经海关核准后，按规定来办理手续。海关将货物拍卖，所得款项上缴国库后签发收据，企业凭这这个收据向主管海关申领解除监管证明。
(5)企业进入到破产清算程序时，对于还处在海关监管期内的特定减免税货物，企业首先向主管海关申请，经主管海关同意并按规定征收税款后，签发解除监管证明，才能进入破产清算、变卖、拍卖程序。
3、保税区内企业免税进口货物的处理
保税区内企业免税进口货物未满海关监管年限，申请提前解除监管的，应按规定缴纳进口税。涉及到许可证件管理的商品还需要提交有效的许可证件。
▲特定减免税货物跟与保税货物的异同：
(1)性质不同
特定减免税货物是实际进口货物：针对三个特定在符合条件的情况下给予的税收优惠措施;
保税货物：针对进境又复运出境的特点简化了海关税、证手续的一种制度
(2)前期准备不同：
特定减免税货物：申领减免税证明;
保税货物：向海关备案，由海关核发加工贸易登记手册
(3)监管不同：
特定减免税货物：监管期满解除监管(时效);
保税货物：根据去向不同分别办理相应的手续。